Los pueblos pesqueros y agrícolas que se desarrollaron hacia el año 2.000 a.C., en la zona costera del Pacífico de la actual Guatemala fueron los precursores de la gran civilización maya que dominó América Central durante siglos y que dejó su enigmático legado de ruinas coronando las cumbres de las colinas. Durante el período preclásico tardío, alrededor del año 300 a.C. hasta el 250 d.C., comenzaron a construirse en las tierras altas de Guatemala grandes ciudades sagradas. Sin embargo, durante el período postclásico, entre los años 900 y 1530 d.C., el poder se trasladó a las tierras bajas de El Petén. Tras la misteriosa caída de la hegemonía maya, los itzaes se asentaron allí, concretamente en el lugar donde hoy se alza la ciudad de Flores.
En 1523, Pedro de Alvarado, capitán de la hueste de Cortés, entra a conquistar tierra maya, pero sólo encuentra un imperio que se extinguía y multitud de tribus enzarzadas en guerras intestinas. Tras derrotar a los quichés es nombrado gobernador de Guatemala ese mismo año. Los reinos mayas de Quiché y Cakchiquel fueron divididos y sometidos. La posterior llegada de frailes dominicos, franciscanos y agustinos preservó en parte el modo de vida indígena, pero muchos rasgos de la cultura autóctona se perdieron para siempre.
La independencia de España se produjo en 1821, lo que supuso prosperidad para los descendientes de los españoles (criollos) y un empeoramiento de las condiciones de los aborígenes. Las salvaguardas liberales de la Corona española se abandonaron; al pueblo maya le arrebataron la tierra para reconvertirla en plantaciones de tabaco y de caña de azúcar, y sus gentes fueron reducidas a esclavos. Desde entonces, la situación política del país se ha caracterizado por la continua rivalidad entre las fuerzas de la izquierda y la derecha, ninguna de las cuales ha tenido como prioridad aliviar de la pobreza a los indígenas.
Entre los períodos de alternancia dictatorial con mandatarios economistas liberales cabe destacar la breve pero brillante actuación de Juan José Arévalo, que estableció el sistema de seguridad social nacional y creó una oficina gubernamental dedicada a velar por los intereses indígenas. El régimen liberal de Arévalo, en el poder desde 1945 a 1951, padeció 25 golpes de estado dirigidos por fuerzas militares conservadoras. Su sucesor, el coronel Jacobo Arbenz Guzmán, continuó con la política liberal de su predecesor y diseñó una ley de reforma agraria para dividir los latifundios y promover el minifundismo y la agricultura intensiva. La expropiación de estos terrenos, pertenecientes a empresas extranjeras -entre ellas, la United Fruit Company de la que, curiosamente, era copropietario el Secretario de Estado estadounidense-, contaba con el apoyo del Partido Comunista nacional; éste fue el detonante que animó a la CIA a intervenir en el país. En 1954 promovieron un golpe militar que triunfó y obligó a Arbenz Guzmán a huir a México, con lo que la reforma quedó inconclusa.
A partir de entonces, la presidencia fue copada por militares, agudizándose las protestas y la represión, hasta que finalmente estalló la guerra civil. El auge industrial vivido en los años sesenta y setenta contribuyó a incrementar las ganancias de los potentados, mientras que las ciudades se transformaban en lugares misérrimos, al tener que acoger a todos los campesinos desahuciados de sus propiedades que llegaban allí en busca de empleo. La supresión violenta por parte del ejército de elementos antigubernamentales (la mayoría de los campesinos sin tierra) tuvo como consecuencia que Estados Unidos retirara su ayuda y se convocasen las elecciones de 1985, de las que salió vencedor el demócrata cristiano Marco Vinicio Cerezo Arévalo.
Tras cinco años de Gobierno (lo establecido allí son siete), Arévalo fue sucedido por Jorge Serrano Elías, que ganó la presidencia por el conservador Movimiento de Acción Solidaria. Todos sus intentos por zanjar la guerra civil fueron fallidos; conforme disminuía su popularidad, éste fue dependiendo más y más del apoyo militar, hasta que el 25 de mayo de 1993, tras una serie de protestas populares, protagonizó un autogolpe. Sin apoyos, Serrano escapó del país y el Congreso designó como sucesor a Ramiro de León Carpio, opuesto abiertamente al ejército. La política de ley y orden desarrollada por Carpio fue mantenida por el nuevo presidente Álvaro Enrique Arzú Irigoyen, que intentó resolver los problemas del país aplicando una política tecnócrata neoliberal. En diciembre de 1996, el Gobierno firmó una serie de acuerdos de paz con las guerrillas izquierdistas, y el ejército accedió a reducir sus competencias en asuntos de seguridad nacional. El reto para obtener una paz duradera reside ahora en recortar las grandes desigualdades socioeconómicas existentes.
El 14 de enero de 2000, Guatemala estrenó Gobierno, encabezado por el presidente conservador Alfonso Portillo, que ganó las elecciones al proclamar que si él podía defenderse a sí mismo también podría defender a su pueblo. Entre sus principales promesas electorales estaban la reorganización de las fuerzas armadas, el saneamiento del sistema judicial, la ejecución de severas medidas contra el crimen y el respeto por los derechos humanos.
En las siguientes elecciones de 2003, entre otros, aparecía como candidato Ríos Montt. Tras escádalos y engaños, fue declarado presidente el político menos radical de la derecha guatemalteca, Óscar Berger, de la coalición Gran Alianza Nacional.
En 2004 Montt fue detenido bajo arresto domiciliario, fueron retirados 10.000 soldados del ejército y él mismo se declaró culpable por la violación de los derechos humanos, pagando 3.500.000 dolares a las víctimas de la guerra civil.